单位自首的认定单位犯罪与单位内部的自然人犯罪的区别在于：前者是基于单位意志支配下的单位行为，而后者则是基于个人意志支配下的个人行为。同理，犯罪单位的自首区别于单位内部自然人的自首亦是如此。因此，认定犯罪单位的自首，关键是看该自首行为是否出于犯罪单位的意志以及投案人是否代表犯罪单位。换言之，犯罪单位自首的成立须满足以下条件：

1.主动投案，即犯罪单位在犯罪之后、归案之前，主动向有关机关投案

由于犯罪单位本身无法投案，因此，犯罪单位主动投案只能由代表单位的自然人进行。

2.主动投案的行为必须出于犯罪单位的意志

所谓单位意志，既可以是经犯罪单位集体研究作出的决定，也可以是由能够代表单位意志的负责人作出的决定。这是单位自首区别于自然人自首的一个重要特征。

3.如实供述罪行

代表犯罪单位主动投案的被委派人或能够代表单位意志的负责人必须将单位所实施的全部罪行如实交代，而不是仅交代部分罪行或单位犯罪中具体实施犯罪的自然人自身的罪行。此外，如果犯罪单位尚未来得及形成一致意见，能够代表单位意志的负责人在接受有关机关的调查、询问，或者因他罪被采取强制措施后，如实交代司法机关尚未掌握的单位犯罪事实的，也应认定为单位自首。

单位犯罪的情况比较复杂，有的案件是单位集体研究决定实施的，有的案件是由能够代表单位意志的直接负责的主管人员(如法定代表人、单位的主要负责人)个人决定实施的，有的案件单位直接负责的主管人员直接参与了单位犯罪活动，而有的案件单位直接负责的主管人员并没有直接参与单位犯罪活动，甚至毫不知情，单位犯罪活动是由其下属具体负责某方面工作的人员纠集在一起，背着单位直接负责的主管人员进行的，此外，由于单位犯罪是由自然人实施的，单位自首也是由自然人进行的，因此，在认定单位自首的同时，又必然涉及到参与单位犯罪的自然人的自首认定问题。单位犯罪情况的复杂性，决定了犯罪单位自首以及参与单位犯罪的自然人自首认定的复杂性。因此，在认定犯罪单位自首以及参与单位犯罪的自然人自首时应具体案件具体分析